Được thành lập ngày 18/02/2008 theo quyết định số 196/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Trường Đại học Võ Trường Toản thuộc Bộ Giáo dục và Đào Tạo, nhà trường được giao nhiệm vụ đào tạo đa hệ, đa ngành và đa trình độ nhằm tạo nguồn nhân lực chất lượng cao có trí tuệ, bản lĩnh, sáng tạo cho vùng đồng bằng sông Cửu Long nói riêng và cả nước nói chung.

Trường Đại học Võ Trường Toản hướng đến xây dựng mẫu hình trường Đại học hiện đại, mang tầm vóc quốc tế về quy mô và chất lượng. Được xây dựng theo mô hình "Thành phố đại học" mang phong cách châu Âu trên diện tích 20 hecta, đến năm 2015, Trường Đại học Võ Trường Toản sẽ trở thành một trung tâm đào tạo nguồn nhân lực uy tín trong hệ thống giáo dục đại học tiên tiến; góp phần nâng cao trình độ dân trí và trình độ lực lượng lao động sản xuất trong bối cảnh hội nhập nền kinh tế quốc tế; hỗ trợ tích cực cho công tác quản lý và đặc biệt là xây dựng đội ngũ những người lao động trẻ có trình độ, dễ dàng tiếp thu sự chuyển giao công nghệ từ các nước tiên tiến, các đối tác mang tầm quốc tế.

Đơn vị đào tạo của Trường Đại học Võ Trường Toản hiện có 05 khoa (khoa Khoa học cơ bản, khoa Kinh tế, khoa Công nghệ thông tin, khoa Y và khoa Dược); 02 trung tâm đào tạo là Trung tâm Công nghệ phần mềm và Trung tâm Ngoại ngữ - Tin học chuyên đào tạo, cung cấp dịch vụ nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực ngoại ngữ - tin học.

Đánh dấu bước phát triển quan trọng trong việc mở rộng cơ cấu các ngành nghề đào tạo, mở ra cơ hội lựa chọn mới dành cho các thí sinh yêu thích lĩnh vực khoa học sức khỏe, Trường Đại học Võ Trường Toản đã chính thức triển khai đào tạo ngành Y đa khoa và Dược học hệ chính quy.

Tính đến năm học 2012-2013, Trường Đại học Võ Trường Toản đã đào tạo trên 7000 sinh viên hệ chính quy thuộc 10 chuyên ngành Y đa khoa, Dược học, Quản trị kinh doanh, Kế toán, Tài chính – Ngân hàng, Quản trị dịch vụ du lịch và lữ hành, Kinh tế quốc tế, Văn học, Ngôn ngữ Anh, Công nghệ thông tin.